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Articles

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archeoViz newsletter #9 February 2024

Dear subscribers to the archeoViz newsletter,

This is the 9rd archeoViz newsletter, about February 2024.
The main news of this month is definitively archeoViz‘s “background map” new feature to draw lines on the background of 3D and map plots. It makes it possible, for example, to display a map, as illustrated in the Poeymaü and INRAP instances. In addition, this new INRAP instance is the first example of an archeoViz instance where points represent archaeological sites (and not archaeological remains).

Other news and updates are presented by section below.

Feel free to submit us any suggestions about the application and its interface, possible datasets, or people likely to be interested (write to: archeoviz-maintainers@services.cnrs.fr).

All the best,
Sébastien, with Anaïs & Élisa

The archeoViz Portal
The archeoViz blog

Additions to the archeoViz Portal and Improvements

This month, we have no less thant 8 new instances deployed and indexed on the archeoViz Portal:

  • Les Plaints, a Palaeolithic site Switzerland
  • MO0306, a Woodland site in the USA
  • MO1374, a Woodland site in the USA
  • MO1375, a Middle Archaic site in the USA
  • INRAP, the distribution of the archaeological sites excavated by the French National Institute for Preventive Archaeology
  • Mutzig, a Palaeolithic site in Eastern France
  • Le Foulon, a Neolithic site in Center France
  • Kieler 1, block 3, a supplement to the ‘Kieler1‘ instance

These new instances include about 55,500 objects.

Indexation

  • The archeoViz package has been referenced by CAT OPIDoR, a catalogue of scientific numeric ressources.
  • The reuse of the INRAP dataset through the related archeoViz instance has be referenced on data.gouv.fr, the French agency for public and scientific data.)

Improvements of the archeoViz application

  • Drawing can now be displayed on background of the 3D and Map plots (using the ‘background.map’ parameter)
  • Metric unit can be defined with the new ‘unit’ parameter (one of: cm, m, km). It automatically determines the square size and the display of scale information.
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archeoViz newsletter #8 January 2024

Dear subscribers to the archeoViz newsletter,

This is the 8rd archeoViz newsletter, about January 2024.
The main news of this month is definitely the integration of the archeoViz Portal dataset into the Openarchaeo web semantic platform! More info below.
Updates are presented by section below.

Feel free to submit us any suggestions about the application and its interface, possible datasets, or people likely to be interested (write to: archeoviz-maintainers@services.cnrs.fr).

All the best,
Sébastien, with Anaïs & Élisa

The archeoViz Portal: https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home
The archeoViz blog: https://archeoviz.hypotheses.org

Additions to the archeoViz Portal and Improvements

This month, we have 2 significant updates of datasets indexed on the archeoViz Portal and 1 addition:

  • the Grande Rivoire instance was updated thanks to Alexandre Angelin, from 34204 to 38847 objects!
  • Tesetice X08 was also udpated from 137 to 27091 objects, thanks to Peter Tóth
  • Tesetice T09-T10 is a new instance, including 5137 objects, thanks to Peter Tóth again.

Besides, the usage statistics of the archeoViz Portal have been restructured:

  • the “statistics” tab now displays two plots:
    • a plot about the use of “generic” archeoViz instances (instances related to each language)
    • a plot about the use of the “specific” archeoViz instances (instances related to each dataset)
  • Internally, the way the stats are generated has been revised, resulting in faster generation of the plots and requiring less computation.

Indexation

Thanks to Florian Hivert and Olivier Marlet, the catalogue archeoViz instances referenced in the archeoViz Portal can now be explored and queried through the Openarchaeo platform!
Openarchaeo is a semantic web platform for archaeological data, using cutting-edge technologies. It embedded including Sparnatural, a visual SPARQL query builder making it easy to query knowledge graphs.

Explore the archeoViz Portal catalogue on Openarchaeo!

Improvements of the archeoViz application

  • A north arrow can now be displayed on the “Map” and “Section” plots. Its orientation is controlled by the ‘grid.orientation’ parameter.
  • archeoViz v1.3.4 is now available on the CRAN.
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archeoViz newsletter #8 janvier 2024

Bonjour à toutes et à tous,

Voici ci-dessous la 8e lettre d’information archeoViz, faisant le point pour janvier 2024. La principale nouveauté de ce mois concerne définitivement l’ajout des données archeoViz Portal à la plate-forme Openarchaeo !

N’hésitez pas à envoyer (à archeoviz-maintainers@services.cnrs.fr) toute suggestion concernant l’application et son interface, de possibles jeux de données d’application, ou des personnes susceptibles d’être intéressées.

À bientôt,
Sébastien, Anaïs & Élisa

archeoViz Portal : https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home
Le blog archeoViz : https://archeoviz.hypotheses.org

Ajouts de jeux de données sur le portail

Ce mois-ci deux jeux de données ont été étendus de manière significative et une nouvelle instance a été créée:

  • l’instance Grande Rivoire a été mise à jour grâce à Alexandre Angelin et étendue de 34204 à 38847 objets !
  • l’instance Tesetice X08 a également été étendue de 137 à 27091 objets, grâce à Peter Tóth
  • Tesetice T09-T10 est une nouvelle instance, comprenant 5137 objets et là aussi grâce à Peter Tóth.

De plus, les statistiques d’usage du archeoViz Portal ont été restructurés :

  • l’onglet “statistics” présente dorénavant deux graphiques :
    • un graphique concernant l’utilisation des instances archeoViz “génériques” (relatives aux différents langages de l’interface)
    • un graphique concernant l’utilisation des instances “spécifiques” (relatives aux différents jeux de données)
  • La manière dont les statistiques sont produites a, de manière interne, également été révisée, permettant une création des graphiques plus rapide et moins gourmandes en ressources.

Indexation

grâce à Florian Hivert et Olivier Marlet, le catalogue des instances archeoViz référencées dans le archeoViz Portal peut désormais être exploré et interrogé à travers la plate-forme Openarchaeo !
Openarchaeo est une plate-forme web sémantique pour les données archéologiques reposant sur des technologies de pointe. Elle repose notamment sur Sparnatural, un constructeur visuel de requêtes SPARQL permettent d’interroger simplement et facilement des graphes de connaissances.

Explorer le catalogue des instances du archeoViz Portal sur OpenArchaeo.

Améliorations de l’application archeoViz

  • Des flèches d’orientation peuvent désormais être affichées sur les graphiques “Carte” et “Section”. L’orientation de ces flèches est contrôlée par le paramètre ‘grid.orientation’.
  • archeoViz v1.3.4 est désormais disponible sur le CRAN.
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archeoViz newsletter #7 décembre 2023

Bonjour à toutes et à tous,

Voici ci-dessous la 7e lettre d’information archeoViz, faisant le point pour décembre 2023. Les nouveautés de ce mois concernent d’une part la publication d’un nouvel article et, d’autre part, le premier anniversaire du portail archeoViz (déjà un an !).

N’hésitez pas à envoyer (à archeoviz-maintainers@services.cnrs.fr) toute suggestion concernant l’application et son interface, des jeux de données à intégrer, ou des personnes susceptibles d’être intéressées.

À bientôt,
Sébastien, Anaïs & Élisa

archeoViz Portal: https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home
Le blog archeoViz: https://archeoviz.hypotheses.org

Publication et documentation

Un nouvel article concernant archeoViz a été publié dans le Journal of Open Source Software:
“archeoViz: an R package for the Visualisation, Exploration, and Web Communication of Archaeological Spatial Data”, https://doi.org/10.21105/joss.05811

Notez que l’intérêt de cette revue porte non seulement sur l’article, mais aussi et surtout sur le logiciel, qui fait l’objet de l’essentiel de l’évaluation !

Ce mois-ci, archeoViz et le archeoViz Portal ont été présentés à deux rencontres scientifiques :

Ajouts de jeux de données sur le portail

Aucun jeu de donnée n’a été ajouté au portail ce mois-ci.

Indexation

Le archeoViz Portal est en ligne depuis un an ! (depuis le 4 janvier 2023). Il a reçu environ 2600 visites. Ces visites sont comptabilisées dans le total des environ 11 200 visites reçues par l’ensemble des instances archeoViz indexées sur le portail.

Améliorations de l’application archeoViz

Dans l’onglet “Données”, il est désormais possible d’appliquer une rotation à l’ensemble du nuage de points après l’avoir chargé dans ce même onglet.
Cette fonctionnalité a été inclue dans archeoViz v1.3.4, d’ores et déjà disponible sur github et qui sera très prochainement publié sur le CRAN, en janvier 2024.

archeoViz a été récemment ajouté au “SSH Open Marketplace”, un répertoire de ressources maintenu par trois infrastructures européennes de recherche.

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archeoViz newsletter #7 December

Dear subscribers to the archeoViz newsletter,

This is the 7rd archeoViz newsletter, about December 2023.
The main news of this month is the publication of a new paper about archeoViz and the first anniversary of the archeoViz Portal (which is already 1 year old!).
Updates are presented by section below.

Feel free to submit any suggestions about the application and its interface, datasets to be integrated, or people likely to be interested (write to: archeoviz-maintainers@services.cnrs.fr).

All the best,
Sébastien, with Anaïs & Élisa

The archeoViz Portal: https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home
The archeoViz blog: https://archeoviz.hypotheses.org

Publications and documentation

A new paper about archeoViz has been released in the Journal of Open Source Software:
“archeoViz: an R package for the Visualisation, Exploration, and Web Communication of Archaeological Spatial Data”, https://doi.org/10.21105/joss.05811

Note that this journal’s focus is not only on the paper but also and mainly on the software itself, which has been peer-reviewed!

archeoViz and the archeoViz Portal were presented at two scientific events this month:

Additions to the archeoViz Portal

No new dataset has been indexed on the archeoViz Portal this month.

Indexation

The archeoViz Portal is online since one year (it was launched on January, 4, 2023) and was visited about 2600 times. These visits are summed in the total of about 11,200 visits received by all the archeoViz instances indexed on the portal.

Improvements of the archeoViz application

In the “Input” tab, a new function makes it possible to rotate the point cloud after loading it.
This feature has been included in archeoViz v1.3.4, which already available on github and will be published on the CRAN in January 2024.

archeoViz has been recently added to the “SSH Open Marketplace”, a repository run by three European Research Infrastructures.

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archeoViz newsletter #6 novembre 2023

Bonjour à toutes et à tous,

Voici ci-dessous la 6e lettre d’information archeoViz, faisant le point pour novembre 2023. Ce mois-ci, les nouveautés concernent principalement le portail archeoViz !
N’hésitez pas à envoyer (à archeoviz-maintainers@services.cnrs.fr) toute suggestion concernant l’application et son interface, des jeux de données à intégrer, ou des personnes susceptibles d’être intéressées.

À bientôt,
Sébastien, Anaïs & Élisa

Portail: https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home
Site web: https://archeoviz.hypotheses.org

Publications et documentation

archeoViz et le archeoViz Portal ont été présentés :

Un tutoriel archeoViz a été mis en ligne sur le blog.

Ajouts de jeux de données sur le portail

Aucun jeu de donnée n’a été ajouté au portail en novembre, toutefois plusieurs restent en préparation.

Améliorations de l’application archeoViz

Aucun changement important n’a eu lieu ce mois-ci. De petits ajustements ont été publiés en tant que version 1.3.3 sur github.

The archeoViz Portal and indexation

Des améliorations et changements importants ont été apportés au archeoViz portal :

  • de nouvelles variables ont été ajoutées aux métadonnées : l’altitude du site, 3 périodes chronologiques (plutôt que 2), la précision de la localisation spatiale du site (exacte ou vague), les types d’objets inclus dans le jeu de données
  • l’interface du portail a été ré-organisée sous plusieurs onglets
  • les instances archeoViz peuvent désormais être filtrées en fonction de l’altitude des sites archéologiques qu’elles concernent
  • dans le tableau, les instances archeoViz relatives à des jeux de données disponibles en accès ouvert sont marqués par une icône
  • la fonction de recherche (“search”) permet désormais d’effectuer des recherches :
    • par période chronologique, et
    • par type d’objet (13 catégories: “lithic industry”, “animal bone”, etc.)

Les périodes chronologiques sont gérées sémantiquement : par exemple, une recherche effectuée en employant les chaînes de caractère “Paleolithic” ou “Palaeolithic” renverront non seulement les instances décrites comme “Paleolithic” mais, également, celles décrites comme “Mousterian” (la période “Mousterian” étant une sous-période de la période “Paleolithic”). Une figure résumant les concepts chronologiques inclus et leurs relations peut être téléchargée depuis la page d’accueil du portail archeoViz.

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archeoViz newsletter #6 November

Dear subscribers to the archeoViz newsletter,

This is the 6rd archeoViz newsletter, about November 2023. Updates are presented by section below. This month, the news mostly regard the archeoViz portal!

Feel free to submit any suggestions you may have concerning the application and its interface, datasets to be integrated, or people likely to be interested (write to: archeoviz-maintainers@services.cnrs.fr).

All the best,
Sébastien, with Anaïs & Élisa

Portal: https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home
Website: https://archeoviz.hypotheses.org

Publications and documentation

archeoViz and the archeoViz Portal were presented:

A short tutorial has been published on the blog.

Additions to the archeoViz Portal

No new dataset were added to the Portal in November, however several are in preparation.

Improvements of the archeoViz application

No significant change this month. Small fixes were published as version 1.3.3 on github.

The archeoViz Portal and indexation

Significant changes and improvements were made on the archeoViz portal:

  • new variables are included in the metadata: the altitude of the site, 3 chronological periods (instead of 2), accuracy of the spatial location of the site (exact or fuzzy), the types of objects included in the dataset
  • the interface of the portal has been reorganised with tabs
  • the archeoViz instances can now be filtered by altitude (using a slider)
  • in the table, the archeoViz instances regarding datasets available in open access are marked with an icon
  • the “search” function of the table makes it possible to search:
    • by chronological period, and
    • by type of object (13 categories: lithic industry, animal bone, etc.)

Chronological periods are managed semantically: for example, a search made using the “Paleolithic” or “Palaeolithic” strings will retrieve not only the instances described as “Paleolithic”, but also those described as “Mousterian” (the “Mousterian” period being a sub-period of the “Paleolithic” period). A figure summarising the chronological concepts included and their relationships can be download from the archeoViz Portal homepage.

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Tutorial for the archeoViz application (R package)

Data download and upload

  • Chose and download one of these datasets :
    • Madjedebe (Paleolithic site, Australia), 9136 objects,
    • Bilzingsleben (Paleolithic site, Germany), 2439 objects and 61 refits
  • Open an archeoViz online instance:
  • Use the “Input data” tab to load the table(s)

Visualisation

  • Explore the 4 types of visualisation: 3D, map, Sections X and Y.
  • Display a map of all the remains.
  • Display a north-south section of the site (width = 50 cm, anywhere in the site)

Selections and export functions

Launch the “Cassenade” archeoViz instance and display the following selections:

  • A 3D view of “upper part” layer.
  • A map of the coprolithes remains between z=50 and z=100.
  • Export this map as a SVG file.
  • A 3D view of the faunal remains in the “upper part” layer.
  • A Section view of the refittings in X.
  • A Section view of the “silex” (=flint) remains and their refittings relationships.
  • Create a 3D visualisation that include three types of remains only; export it as an HTML file. Open it with a web browser.

Data analysis

Embedded methods

Explore the three methods included in the archeoViz application.

  1. In the “Map” tab, study the density of the spatial distribution of
    • all the remains
    • one type of remains only
    • deux types of remains in 1 layer only
  2. In the “3D plot” tab, display
    • the convex hull by layer
    • the convex hull of one type of remains.
  3. In the “3D plot” tab, display the regression surfaces by layer.

Export to external applications

Launch one of these instances:

  • “Cassenade”, Upper Paleolithic site
  • “MNK Skull T3”, Lower Paleolithic site
  • Select the “object_type” (for Cassenade) or the “object_subtype” variable (for MNK Skull)
  • In the “Statistics” tab, export the selected data set to the available software:
    • Seriograph, for seriation
    • AMADO, for seriation and classification
    • explor, for Correspondence analysis

The archeoViz Portal

  • Open the archeoViz Portal
  • Search the datasets related to sites located in Germany
  • Search the datasets related to Neolithic sites

More advanced use: Data formatting

  • Download the Camiac dataset (Paleolithic site, France), 1425 objects
  • Read the “Data Format” in the Guidelines tab
  • Edit the Camiac table with a spreadsheet editor to adapt it to the archeoViz format
  • Load the dataset in an archeoViz online instance.
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archeoViz newsletter #5 octobre 2023

Bonjour à toutes et à tous,

Voici ci-dessous la 5e lettre d’information archeoViz, faisant le point pour octobre 2023.
N’hésitez pas à envoyer (à archeoviz-maintainers@services.cnrs.fr) toute suggestion concernant l’application et son interface, des jeux de données à intégrer, ou des personnes susceptibles d’être intéressées.

À bientôt,
Sébastien, Anaïs & Élisa

Portail: https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home
Site web: https://archeoviz.hypotheses.org

Publications et documentation

archeoViz et archeoViz Portal ont été présentés :

  • à l’université de Brno, République tchèque, durant un séminaire de master grâce à Peter Tóth (23-10-2023)
  • à l’université de Brno, dans le cadre du projet TKLit dirigé par Solène Denis (24-10-2023)
  • à l’université de Leipzig, Allemagne, à l’invitation de Julian Laabs (26-10-2023)
  • à l’université de Kiel, Allemagne, à l’invitation d’Oliver Nakoinz (30-10-2023)

Ajouts de jeux de données sur le portail

En octobre, l’instance nouvelle indexée sur archeoViz Portal est:

En outre, grâce à Alex Angelin, le jeu de données de la Grande Rivoire est désormais accessible en accès ouvert (CC-BY 4.0):

Plusieurs jeux de données sont en préparation!

Notamment, une mise à jour de l’instance “La Tute de Pèlerin”, suite aux fouilles réalisées cet été par Théo Minet et son équipe.

Améliorations d’archeoViz

Il n’y a pas eu d’améliorations significatives de l’application archeoViz ce mois-ci, bien que beaucoup reste à faire !

Indexation

De même, aucun changement relatif à l’indexation des instances n’est à signaler.

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archeoViz newsletter #5 October 2023

Dear subscribers to the archeoViz newsletter,

This is the 5rd archeoViz newsletter, about October 2023. Updates are presented by section below.

Feel free to submit any suggestions you may have concerning the application and its interface, data sets to be integrated, or people likely to be interested (write to: archeoviz-maintainers@services.cnrs.fr).

All the best,
Sébastien, with Anaïs & Élisa

Portal: https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home
Website: https://archeoviz.hypotheses.org

Publications and documentation

archeoViz and the archeoViz Portal were presented:

  • at the Brno University, Czech Republic, during a master seminar, thanks to Peter Tóth (23-10-2023)
  • at Brno University, in the framework of the TKLit project directed by Solène Denis (24-10-2023)
  • at Leipzig University, Germany, invited by Julian Laabs (26-10-2023)
  • at Kiel university, Germany invited by Oliver Nakoinz (30-10-2023)

Additions to the archeoViz Portal

The dataset added to the Portal in October is:

In addition, thanks to Alex Angelin, the Grande Rivoire dataset is now available in open access (CC-BY 4.0):

Several datasets are in preparation!

In particular, an update for the “Tute de Pèlerin” dataset, after the excavation directed this summer by Théo Minet and his team.

Improvements of the archeoViz application

No significant improvement has been done this month, although much are still to be done!

Indexation

No change in the referencing workflow.